Durante enero del 2006 y, en cumplimiento a la normativa de compras y contratación púbica, la ENA se incorpora al registro Oficial Electrónico, Chileproveedores, convirtiéndose en Proveedor Oficial del Estado, cumpliendo el requisito legal de ser Organismo Técnico de Ejecución de Capacitación, obteniendo el registro SENCE N°7059 con fecha 11 de junio del 2003.
Años más tarde y, en atención a la modificación de la Ley 19.518 sobre Estatuto de Capacitación y Empleo, ENA, certifica su Sistema de Gestión de la Calidad, bajo las normas ISO 9001:2000 Y NORMA CHILENA OTEC 2728 OF. 2003 con CESMEC y procede a la actualización de sus Sistemas a la versión ISO 9001:2008 y NORMA CHILENA OTEC 2728 of 2003 con el Bureau Veritas (BVQi).
En la actualidad dispone de un actualizado Sistema de Gestión de la Calidad integrado por las Normas ISO 9001:2015 y la Norma Chilena OTEC 2728 OF.2015 ambas certificadas por el Bureau Veritas.
De igual forma ENA, aplica en su labor los más altos estándares exigidos por las Normas de Aplicación General Nº1 y Nº2 de la Dirección Nacional del Servicio Civil, así como también, los Nueve Ejes estratégicos, Objetivos y Metas de Impacto del Plan Nacional de Salud que ha dispuesto el Ministerio de Salud.